Il arrange un titre pour Julio GUTIÉRREZ et lors du séjour dans la capitale il est invité par le Club Cubano de Jazz à jouer en duo avec le guitariste Pablo CANO. Au retour à Holguín il poursuit l’expérience jazzistique au Club 80 avec le groupe du pianiste Luis Mariano « Cancañon » AVILÉS. Ce travail va être la source de la série d’enregistrements de 1961 avec son combo pour lequel il rassemble les meilleurs solistes du moment, Nilo ARGUDÍN, trompette ; « Papito » HERNÁNDEZ, contrebasse ; Guillermo BARRETO, drum et pailas ; Oscar VALDÉS Sr, congas ; Roberto GARCÍA, bongó ; Gustavo TAMAYO, güiro. Pour le piano Juanito MÁRQUEZ compte sur « Cancañon » et pour deux thèmes sur Rafael SOMAVILLA.

En 1960 Juanito est invité à réaliser des arrangements pour Omara PORTUONDO et participe à l’enregistrement de « Magía Negra » pour lequel il joue de la guitare sur le thème « Andalucía ». La même année avec sa propre formation il enregistre « Cuba Sax Cha Cha » avec Leonardo TIMOR, trompette ; Jesús CAUNEDO, saxophone ; Germán PIFERRER, voix… Parmi les titres figurent ses compositions « Sax Cha », « Mi novia de siempre », « Tengo ahora una chiquita »,  « Tú nada más », « Tengo ahora una chiquita »… Il enregistre également « The Man I Love » de Gershwin.

Le guitariste décide à ce moment de s’installer à La Havane ce qui va faciliter son travail d’arrangeur. Juanito travaille alors avec Enrique BONNE dont il enregistre en 1961 plusieurs titres, « Billy the Kid », « Lo que debes hacer », « Niña hipócrita » avec l’orchestre de Pacho ALONSO  pour enregistrer « A bailar con Pacho Alonso » la même année. Il est également à la tête d’autres formations, « VOCES LATINAS » ; « HERMANAS VALDIVIA » ; Felipe DULZAIDES, Julio GUTIÉRREZ, l’orchestre de l’hôtel Habana Libre…, de l’orchestre qui accompagne le chanteur « Felo » BOHR pour l’enregistrement du disque « El estilo único de Felo Bohr ». Juanito est invité pour des descargas par Frank EMILIO, « Cachao » pour une descarga enregistrée mais non éditée et avec d’autres jazzistas du début de la décennie.

En 1964 Enrique BONNE l’invite à travailler aux arrangements de ses deux premiers thèmes composés sur son nouveau rythme Pilón. Cette expérience déclenche chez Juanito l’idée de créer lui aussi un rythme nouveau le Pa’Ca’, caractérisé par des temps forts marqués par la percussion d’une baguette sur le flan de la tumbadora, qu’il lance à travers un programme télévisé Ven pa’ca pour lequel il compte entre-autres sur Carlos FAXAS au piano, Silvano SUÁREZ pour le livret et Maricusa CABRERA pour les chorégraphies. MÁRQUEZ joue également en soliste entre les deux parties du show certaines de ses compositions et d’autres thèmes.

Il enregistre cette année-là avec son propre combo composé de ARGUDÍN, BARRETO, SOMAVILLA au piano et la voix de Pedro GÓMEZ.

Le thème phare est « Arrimate pa’ca » mais il ajoute aussi d’autres compositions personnelles, « Joropero », « Llavimaso », « Tumbao N° 1 », « Esos tiernos ojos » et thèmes de Roberto URBINO, Felix REYNA, Ernesto LECUONA…

Toutefois MÁRQUEZ, tout au long des années cinquante et soixante, reste fidèle aux « HERMANOS AVILÉS » et accompagne l’orchestre lorsque celui-ci est invité en 1966 dans la capitale pour jouer au Salón Mambí et à la télévision.
L’année suivante il enregistre avec cette formation « Juanito Márquez y la Orquesta Avilés ».

Trois ans plus tard le pianiste Ernesto DUARTE l’appelle d’Espagne pour arranger, jouer et enregistrer avec son orchestre et dans le domaine de la variété avec les chanteurs Rafael, Mari Trini, Julio Iglesias … et avec le pianiste de jazz catalan « Tete » MONTOLIÚ. Il arrange aussi pour Antonio MACHÍN. En 1971 il signe un contrat avec le label espagnol Hispavox et devient l’arrangeur de ses productions. Juanito poursuit ce travail jusqu’en 1976. En 1973 le label lui enregistre « Juan Márquez, el hombre de la guitarra » avec des thèmes des « Rolling Stones ».
Tout en continuant à travailler pour Hispavox Juanito MÁRQUEZ fixe sa résidence à Miami en 1974. Il retrouve Pablo CANO et « Papito » HERNÁNDEZ avec qui il organise un petit studio pour enregistrer divers travaux commerciaux et arrange de nouveau pour Julio GUTIÉRREZ et son disque « Inolvidablemente » ainsi que pour « Tito » Puente et le chanteur cubain exilé, « Tata » RAMOS.

Au cours des années quatre-vingt Juanito travaille pour « Miami Sound Machine », Gloria Estefán, Willy Chirino, retrouve « Cachao » avec qui il enregistrement de nouvelles descargas au milieu des années quatre-vingt-dix, participe au disque de Paquito d’RIVERA «  40 Years of Cuban Jam Session » et à la bande sonore du film de Fernando Trueba Chico et Rita.